激光散斑血流成像系统可用于确认已发生MCA闭塞并发生缺血。通过成功的手术，可以测试各种疗法来评估对卒中恢复的影响。可完整的记录样本从缺血-再灌注-术后改善整个过程。

CBF的变化是许多神经系统疾病的特征，如脑损伤、脑血管病、血管性痴呆等。利用激光散斑血流成像系统LSCI技术非侵入性的方式和出色的成像分辨率来量化血流变化，能更好地了解这些事件背后的神经生理机制。

缺血周边组织发生扩散性抑制样去极化是组织损害扩大的另一个原因。脑皮层扩散性抑制的评价是动态的过程，转瞬即逝，常规离体的方式无法有效观察急性变化的过程，缺乏有效的数据来支持研究。

下肢缺血模型是一种成熟的血管再生研究动物模型，可用于测试和量化新疗法对新血管形成和发育的影响，利用激光散斑血流成像系统软件自定义缺血肢体与非缺血肢体血流的感兴趣区域，量化的数据对比来评估不同疗法的效果。

皮下肿瘤模型是新型抗癌候选药物体内评价非常受欢迎的动物模型。使用免疫缺陷动物品系，将培养的癌细胞皮下植入，约2周内会即可形成实体瘤。研究者通过监测肿瘤生长和进展，结合肿瘤微血管密度测定，来评估治疗策略的效果。

脓毒症和急性腹腔内炎症状况影响内脏循环目前已获得普遍共识。低灌注是麻醉和危重病的常见特征。可通过肠系膜微循环变化来揭示多种疾病的发病机理、筛选有效药物、判断疾病变化及预后等。

脊髓损伤仍然被认为是一种无特殊治疗方法的伤病。缺血再灌注损伤是造成神经损伤的一个重要因素，视频记录了大鼠脊髓通过打击器损伤后从缺血到再灌注的完成过程。

传统的动态观察肾脏微循环的方式为在活体或者灌流肾中建立肾盂给水动物模型进行研究，这种方式难以符合肾脏的生理状态。目前利用激光散斑血流成像系统来评价肾脏微循环灌注，对肾脏损伤小，结果可靠。

CAM是一种高度血管化、无神经支配的胚胎外膜，对于血管再生研究，可以局部递送各种生物分子和药物并研究它们的血管生成效果。对于癌症模型，可以将各种类型的细胞移植到 CAM 中以促进肿瘤生长。

皮肤的血流监测，在针灸、化妆品开发、过敏、皮肤损伤愈合的应用十分普遍。可以利用分析软件在皮肤的不同区域进行区域标记以量化实验前后的对比数据，结合血流灌注图像来评估疗效。